1、長期種子冷庫，用于長期保存種子，庫內溫度控制在在-10℃～-20℃范圍，相對濕度不大于60%。國際上對正常種子長期保存推薦的參考標準為-18℃或更低的溫度條件，種子含水量5±1%（以濕重為基礎）。封入不透氣的容器內，如密封的金屬盒、鋁箔袋、塑料復合薄膜袋、玻璃瓶等。種子預期壽命30～50年，或者更長時間。

2、中期保存種子冷庫用于保存流動性種子，種子庫溫度控制在0℃～10℃范圍，相對濕度不大于60％。種子容器與長期庫的相同。種子含水量6%～9%。種子預期壽命10～30年。

3、短期種子冷庫用于保存生產性種子庫內溫度控制15℃～20℃種子冷庫，相對濕度50%～60%。種子容器從有紙袋、塑料袋、布袋、玻璃瓶等。種子含水量12%以下。種子預期壽命2～5年。

種子冷庫的組成：制冷設備制冷、庫內蒸發器，保溫庫房，微電腦溫控系統組成。  制冷系統主要包括各種制冷壓縮機組，制冷壓縮機是冷庫的心臟，保證庫房內的種子溫度。  微電腦溫控系統是冷庫的大腦，它控制制冷系統的工作和庫內溫度。

庫內蒸發器蒸發器的作用是向冷庫內提供冷量，蒸發器按裝在冷庫內，利用鼓風機將冷卻的空氣吹向庫內的各個部位，大型冷庫常用風道連接蒸發器，延長送風距離，使庫溫下降更加均勻。

保溫庫房是具有一定隔熱保溫性能的庫房，是貯藏種子的場所，它是保持室內隔熱性能及溫度的穩定，保溫庫房較好的隔熱保溫結構，可以最大限度的保持制冷設備制造的冷量少向庫外泄露，也就是盡量減少庫外熱量向庫內侵入，這也是種子冷庫與一般房屋的區別。

種子冷庫的溫度：
 
種子貯藏是為農業生產提供可靠的物質基礎，提高種子播種質量，防潮隔氣的種子冷庫投入使用經過對貯藏的雜交水稻、玉米種種溫及庫房溫濕度定期定點的觀察記錄分析表明,庫年平均溫度為11.2℃,平均相對濕度為63.8%.對貯藏種子的含水量、發芽率定期定點跟蹤兩年檢測結果表明:雜交水稻種子發芽率下降2.5%，雜交玉米種子發芽率下降4.0%,種子的含水量基本保持不變，貯藏種子的經濟效益顯著。