貫通式貨架的使用上的不足之處。貫通式貨架的不足之處主要表現在這些方面：相比于重型等貨架，貫通貨架缺少橫梁以及斜撐等的支持，在穩定性上表現欠缺。貨物的立體存儲越多，其穩定性就相對不好。在前期的設計上，必須根據實際的情況充分的考慮可能的情況。否則，使用空間超出一般情況，在制造安裝以及維護成本上也會上升。

穿梭式貨架的優勢與不足。穿梭式貨架集成了一般貨架的優質結構，同時在自動化倉儲上有一定的表現。比如它的利用效率高，與貫通貨架類似，穿梭式貨架同樣是一種密集化的倉儲貨架系統。其核心的部件為穿梭臺車，由于它們在終端控制下的移動穿梭，讓自動化的深度存儲得以實現，減少人員的操作，有效的提升存貨的效率以及精度。