1、時間短、速度快
常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部。要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，達到快速升溫殺菌作用，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。
2、低溫殺菌保持營養成份和傳統風味
微波殺菌是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果。實踐表明，一般殺菌溫度在75-80℃就能達到效果，此外，微波處理食品能保留更多的營養成份和色、香、味、形等風味，且有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46-50%，而微波處理是60-90%，常規加熱豬肝維生素A保持為58%，而微波加熱為84%。
3 、節約能源
常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。此外，其電能到微波能的轉換效率在70-80%，相比而方，一般可節電30-50%。
4、均勻徹底
常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。
5、便于控制
