微波殺菌溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要120℃-130℃,時間約1小時，而微波殺菌溫度僅要70℃-105℃,時間約90-180秒。
1、時間短、速度快
常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部。要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，達到快速升溫殺菌作用，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。
2、低溫殺菌保持營養成份和傳統風味
微波殺菌是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果。實踐表明，一般殺菌溫度在75-80℃就能達到效果，此外，微波處理食品能保留更多的營養成份和色、香、味、形等風味，且有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46-50％，而微波處理是60-90％，常規加熱豬肝維生素A保持為58％，而微波加熱為84％。
3 、節約能源
常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。此外，其電能到微波能的轉換效率在70-80％，相比而方，一般可節電30-50％。
4、均勻徹底
常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。
5、便于控制
微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。
6、設備簡單，工藝先進
與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備，不需要鍋爐，復雜的管道系統，煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。
7、改善勞動條件，節省占地面積
設備的工作環境溫度低、噪音小，極大地改善了勞動條件。整套微波設備的操作人員只需2-3人。廣泛用于木耳、人參、鮮花、蔥姜蒜片。棗片、辣椒、脫水蔬菜、豆制品等制品的熱化、干燥和殺菌，通過微波殺菌和保鮮技術，不但不會破壞物料原有的營養成分，衛生指標完全可低于國家食品衛生標準，完全可以達到食品的出口級標準，同時大大延長食品的貨架期。
