影響永磁筒式磁選機工作的因素較多，除了底箱型式、磁系結構、磁場特性之外，還有磁系偏角、工作間隙、分選濃度與圓筒轉速等。
磁系偏角如果不適當將會明顯影響分選指標。所謂磁系偏角，就是磁系弧面中心線與圓筒中心垂直線的夾角。磁系偏后尾礦品位低，但太偏后時，由于精礦不能提升到精礦端脫落，反而使尾礦品位升高。若磁系偏前，則使精礦提升過高，掃選區減短，也使尾礦品位升高，所以磁系偏角應調整到適中位置。
粗選區圓筒表面到底箱底板之間的距離稱為工作間隙，工作間隙的大小要影響到分選的效果。間隙大，礦漿的流量亦大，有利于提高處理量，但由于離圓筒表面較遠，磁場強度較較低，所以會使尾礦品位升高，降低金屬回收率。反之，若工作間隙小，則增大磁場會使精礦品位降低，但回收率可以高些。若工作間隙太小，礦漿流速會過快，使礦粒來不及吸到圓筒表面就被礦漿流帶到尾礦，將造成尾礦品位升高，甚至會使尾礦排出困難，出現“滿槽”現象。因此，在磁選機的安裝與維修時要注意保證合適的工作間隙。
分選濃度的大小決定一定礦量的礦漿流速，影響礦粒的分選時間。濃度高，流速慢，阻力大，精礦中易夾雜脈石，降低精礦質量。但由于選別時間較長，對回收率有利。反之，若分選濃度低，精礦品位可以高些，而尾礦品位也會增高，使回收率降低。
圓筒轉速的大小對選別指標也有影響，轉速低，產量低。轉速高，礦粒所受離心力大，單位時間內磁翻作用增加，精礦品位與處理能力都高，而回收率則降低。
在實際操作中，調節給礦的吹散水與精礦的沖洗水很重要。散水大大，礦漿流速過快，會使尾礦品位增高。反之，吹散水小，會使礦粒不能充分松散而影響分選效果，使尾礦品位升高，精礦品位降低。
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