濕法煙氣脫硫通常存在富液難以處理、沉淀、結垢及堵塞、腐蝕及磨損等等棘手的問題。這些問題如解決的不好，便會造成二次污染、運轉效率低下或不能運行等。
在濕法煙氣脫硫中，襯膠脫硫管道常常發生結垢和堵塞。襯膠脫硫管道結垢和堵塞，已成為一些吸收襯膠脫硫管道能否正常長期運行的關鍵問題。為此，首先要弄清楚結構的機理，影響結構和造成堵塞的因素，然后有針對性地從工藝設計、襯膠脫硫管道結構、操作控制等方面著手解決。
一些常見的防止結垢和堵塞的方法有：在工藝操作上，控制吸收液中水份蒸發速度和蒸發量；控制溶液的PH值；控制溶液中易于結晶的物質不要過飽和；保持溶液有一定的晶種；嚴格除塵，控制煙氣進入吸收系統所帶入的煙塵量，襯膠脫硫管道結構要作特殊設計，或選用不易結垢和堵塞的吸收脫硫管道，例如流動床洗滌塔比固定填充洗滌塔不易結垢和堵塞；選擇表面光滑、不易腐蝕的材料制作吸收襯膠脫硫管道。
脫硫系統的結構和堵塞，可造成吸收塔、氧化槽、管道、噴嘴、除霧器設置熱交換器結垢和堵塞。其原因是煙氣中的氧氣將CaSO3氧化成為CaSO4(石膏)，并使石膏過飽和。這種現象主要發生在自然氧化的濕法系統中，控制措施為強制氧化和抑制氧化 。
