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該系統大致分為控制單元（PXI（RT）系統）和操作單元（市售PC）。
控制單元主要將刺激呈現指令信號輸出到刺激呈現系統（VSG），將大腦測量指令信號輸出到大腦測量系統（MRI / MEG），與此同時，開關輸入信息（數字數據） ），然后輸入外部測量儀器（心電圖，呼吸，皮膚血流量）。另外，操作單元主要將設置文件發送到控制單元，監視執行狀態，并開始/結束（中斷）測量。
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