代辦運輸公司營業執照的辦理流程如下：

確定代辦人或者代辦機構：選擇一家信譽良好的代辦機構或個人，確保他們具備代辦營業執照的資質和經驗。
確認代辦事項并簽訂代辦協議：與代辦人明確代辦事項，包括公司名稱、注冊地址、經營范圍等，并簽訂代辦協議，明確雙方的權利和義務。
準備相關資料：提供代辦人所需的公司注冊資料，包括身份證資料、注冊地址資料等。
代辦人正式辦理營業執照：代辦人將根據您提供的資料，前往當地工商行政管理部門提交申請，并等待審核結果。
領取營業執照：審核通過后，代辦人將領取營業執照，并將其交付給您。
需要注意的是，代辦營業執照僅代為辦理相關手續，最終的法律責任仍由您承擔。因此，在選擇代辦機構和代辦人時，需要謹慎選擇，并確認他們的資質和信譽。