蛋白酶K時常應用于分子生物學領域。在制備核酸時,蛋白酶K可以將雜蛋白去除,并迅速使核酸酶失活,避免其降解目標產物DNA和RNA。另外,蛋白酶K還有其他優點,它在變性劑存在下仍能保有活性,如SDS、尿素、EDTA等等,這點與其他蛋白酶(如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶)相當不同。
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