蛋白酶K時(shí)常應(yīng)用于分子生物學(xué)領(lǐng)域。在制備核酸時(shí)，蛋白酶K可以將雜蛋白去除，并迅速使核酸酶失活，避免其降解目標(biāo)產(chǎn)物DNA和RNA。另外，蛋白酶K還有其他優(yōu)點(diǎn)，它在變性劑存在下仍能保有活性，如SDS、尿素、EDTA等等，這點(diǎn)與其他蛋白酶（如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶）相當(dāng)不同。

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