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但是一體化工藝生物組成更復雜，NOB在系統中不容易淘汰或，工藝對p水溫更為敏感，系統的控制難度更大，出現問題后要很長時間才能恢復。兩段式工藝亞硝化和厭氧氨氧化反應容易實現優化控制，亞硝化反應器中的異養微生物能夠降解污水中的有機物及其他有毒有害物質，降低對厭氧氨氧化反應的不利影響，因此系統運行崩潰后容易恢復。但是亞硝化段中亞硝酸鹽累積易產生FN：，且由于要將亞硝化速率和厭氧氨氧化速率進行匹配，所以系統的設計較為復雜。響因素3.1溫度生物硝化反應在5～4℃均可進行，但15℃為分界點。溫度高于15℃時，：OB的生長速度高于NOB，：OB的泥齡小于NOB的泥齡，并且隨著溫度的升高，二者的差值將增加，所以高溫有利于：OB的生長。在25℃以上控制泥齡，可以有效地選擇NOB。目前的工程實例通常將亞硝化過程的溫度控制在3～35℃。多數研究認為，：：OB的理想溫度條件為3～4℃，但是自然條件下在溫度較低時也可以進行穩定的厭氧氨氧化反應，RYSG：：RD等指出在-1.3℃時，北極海底沉積物中的：：OB菌仍具有活性。
