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某些情況下，在綜合分析沸點、分子量及保留時間等因素后，會出現匹配度較低的化合物更可能是待測成分的情況。此外，某些成分可能在譜庫中無法查詢到相應結構，或者對于給出的結構受限于信息缺乏、人員認知不足等無法作出準確判斷，則只能在結果中報出匹配度的化合物信息。待測化合物的分子量越小，其斷裂形成的碎片離子越小，也越容易受到空氣中各種小分子成分的干擾，造成匹配度低，進而影響結構的判斷。實際樣品中甲醇的質譜圖與標準譜庫中的匹配度通常只有不到1%。
