當前主要在農村推廣應用三格式無害化廁所，將糞便的收集、無害化處理在同一流程中進行。糞便經三格化糞池儲存、沉淀發酵后，能較好地起到殺滅蟲卵及細菌的作用，對改善農村環境衛生、保障農民群眾身體健康起著舉足輕重的作用。
廁所改造完成后，后續的使用保養也是一個重要的問題所在：
1、廁所沖水問題：
農村廁所改造工程主要采用腳踏式沖水器，年輕人使用起來一般沒有太大問題，不過老年人使用起來卻有一定難度，其一存水量較小需要經常向里面加水，其二腳踏對于老年人而言相對費力，其三腳踏壓力不足時沖不干凈。針對這個問題，有條件的情況下可將自來水連接到廁所，并安裝上沖水閥門，這樣便可以解決沖水問題。

2、廁所冬天防凍問題
農村廁所一般多在室外，且多為半敞開式，保溫效果較差，北方地區冬季較為寒冷的情況下容易將廁所中的相應管道凍住，一旦凍住將無法進行正常使用，進而則會嚴重影響日常生活。因此廁所改造過后應盡可能將其棚起來，以提高廁所的保溫效果避免上凍。
3、抽糞問題怎么解決
人口多的家庭一天至少要產生三五十升糞污，而1個桶的容積僅有1000升，這樣算下來安裝2個桶的情況下每隔2個月便需要抽糞一次。一般地區抽糞費用僅需20~30元/次，不過個別地區由于抽糞車較少抽糞費用要60~100元/次，這樣算下來一年抽糞花費便要高達數百元。如果當地存在抽糞難或抽糞貴的問題，可以一個村子或幾個村子共同出資購買一輛小型抽糞車。

化糞池選址的一般要求
（1）廁所盡可能離居室近些，做到廁所進庭院、即方便適用，也便于管理。
（2）廁所宜建在居室、廚房的下風方向。
（3）衛生廁所盡量遠離水井或其它地下水管網。
（4）廁屋可利用房屋、圍墻等原有墻體降低造價。
（5）廁所地下部分應建在房屋或圍墻外，有利于維護和出糞、清渣。
（6）修建廁所應符合村莊建設規劃，不要建造在道路兩旁。