XRF（X射線熒光）巖芯掃描儀最初設計用于快速、無損測定船上和岸上實驗室的海洋底部沉積物的化學成分。海洋底部沉積物通常通過箱形巖芯、重力巖芯和活塞巖芯進行取樣，并收集在塑料管中，然后將以長度剖開。XRF測量在分裂磁芯上進行。
例如，XRF核芯掃描儀能夠在30分鐘內以1厘米的樣本分辨率對一米長的巖芯進行完整掃描。如果化學數據顯示巖芯不包含某些預期信息或取芯時出現錯誤，則可以在同一區域取新巖芯。

巖芯掃描儀配備有一個電動門，可通往巖芯裝配系統。堆芯裝配系統可以借助機械系統調整分裂巖芯的位置。 XRF分析方法需要將X射線源和檢測器準確定位在沉積物表面上方。因此，即使巖心切割得不太均勻，計算機控制的系統也可以準確地定位巖心和儀器。
精確的XRF分析的要求是水平面。但是，除了分裂的沉積物芯外，其他樣品架也可以在掃描儀中安裝和測量。例如，可以很容易地測量顯微鏡玻璃上的樣品。