首先描述英國科學家Sir George G. Stokes于1852年,是負責這一術語時,他觀察到的礦物螢石發出紅光,當它被照亮的紫外線激發熒光。斯托克斯指出,總是發生在比激發光的波長更長的熒光發射。在19世紀早期的調查表明,當用紫外線照射時,許多標本(包括礦物,晶體,樹脂,生藥,黃油,葉綠素,維生素,和無機化合物)熒光。然而,直到20世紀30年代開始使用熒光染料染色的組織成分,細菌和其他病原體的生物調查。幾個這些污漬具有較高的特異性,刺激的熒光顯微鏡的發展。
在圖1所示的是一個現代的兩個發射和反射熒光顯微鏡落射熒光顯微鏡的剖面圖。在該圖的中心的垂直照明器具有在其一端(標記的落射燈箱)和過濾器立方體炮塔的另一位置的光源。該設計包括一個基本的顯微鏡,其中反射光的反射光的波長長于激發。Johan S. Ploem入賬垂直照明反射光熒光顯微鏡的發展。在熒光垂直照明,光的特定波長(或定義的波長帶),經常在紫外,藍色或綠色區域的可見光譜,通過來自光源的電弧放電燈或其他源通過一個多光譜激發波長選擇性的過濾器。通過激發光濾光片的波長反映從一個二色反射鏡或分束器(也稱為二向色性)的表面上,通過顯微鏡的物鏡浴中的試樣強烈的光線。如果樣品發出熒光,通過由物鏡聚集的發射光通過二色鏡,隨后過濾通過一個勢壘(或發射)濾波器,該濾波器阻止不需要的激發波長。重要的是要注意,熒光試樣,激發后,產生自己的光在光學顯微鏡下是唯一的模式。所發出的光在所有方向上,球的再輻射的激發光源方向無關。