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熒光顯微鏡多被使用在一些活性物質的檢測上，可以幫助研究人員了解到一些難以觀察的物體的內部組成。微小的活細胞是很難在顯微鏡下進行檢測的，但是我們可以利用這款顯微鏡設備輕易的獲取到物體的內部信息。熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡不同，它不是通過普通光源的照明觀察標本，而是利用一定波長的光來激發(fā)顯微鏡標本內的熒光物質，使之發(fā)射熒光，然后通過觀察熒光來獲得物體的參數信息。
所以，熒光顯微鏡的光源所起的作用不是直接照明，而是作為一種激發(fā)標本的內熒光物質的能源。熒光顯微鏡的光照系統(tǒng)不是作為光源照明的意義而存在，它的作用是激發(fā)熒光，以便設備可以觀察熒光，顯微鏡系統(tǒng)還要安裝相應的過濾系統(tǒng)，把多余的光線進行過濾，防止對我們的觀察造成影響。
熒光顯微鏡的光照系統(tǒng)對于整個顯微鏡系統(tǒng)有著重要的作用，通過指定的光源能供給大量特定波長范圍的激發(fā)光，激發(fā)出受檢物體內部的熒光。有些物體不能夠自帶熒光，我們可以通過涂抹熒光同位素使之帶上熒光，然后再使用顯微鏡觀察。熒光顯微鏡的濾光鏡系統(tǒng)，也可以提高系統(tǒng)的觀察精度。
熒光顯微鏡是免疫熒光組織化學的基本工具，實驗的結果也幫助我國的免疫熒光檢測工程推進了研究進程。該項系統(tǒng)是由超高壓光源、濾片系統(tǒng)、光學系統(tǒng)和攝影系統(tǒng)等主要部件組成，具有高精度和高效率的使用特性，可以幫助研究人員提高測量的精度。該設備的熒光激發(fā)方式也有所區(qū)別，主要可以分為用紫外線照明法和藍光進行激發(fā)的方式。
激發(fā)熒光的方式主要是根據光的波長范圍來劃分，主要分為UV激發(fā)法和BV激發(fā)法兩種。這兩種激發(fā)方式都各有優(yōu)勢和缺陷，我們可以根據被測物體的具體情況來選擇激發(fā)的方式。研究人員在實驗的同時要遵守實驗的守則，防止出現操作方式上的錯誤，影響到結論的精確。
