重慶注冊個獨企業的缺點如下：
（1）難以籌集大量資金。獨資企業限制了企業的擴展和大規模經營。
（2）投資者風險巨大。企業業主對企業負無限責任，在硬化了企業預算約束的同時，也帶來了業主承擔風險過大的問題，從而限制了業主向風險較大的部門或領域進行投資的活動。這對新興產業的形成和發展極為不利。
（3）企業連續性差。企業所有權和經營權高度統一的產權結構，雖然使企業擁有充分的自主權，但這也意味著企業是自然人的企業，他個人及家屬知識和能力的缺乏，都可能導致企業破產。
（4）企業內部的基本關系是雇傭勞動關系，勞資雙方利益目標的差異，構成企業內部組織效率的潛在危險。
（5）企業的話語權全掌握在一人手中，在企業發展中遇到問題缺少可以商量的人，這樣企業的發展不大完善。
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