犢牛腹瀉的發生，與胎兒發育期的條件以及外界環境的影響有關。因地區和季節等的不同，犢牛患腹瀉的情況也不一樣。歸納起來，主要有以下幾方面的原因引起。

1.細菌引起產腸毒素性埃希氏大腸桿菌(ETEC)、彎曲桿菌、沙門氏桿菌、產氣莢膜梭狀芽孢桿菌等均可引起犢牛腹瀉。而ETEC是引起1周齡內的犢牛腹瀉的主要細菌，其侵入犢牛體內后釋放一種或兩種腸毒素而導致犢牛腹瀉。產氣莢膜梭狀菌是犢牛患腸毒血癥的病原菌。

2.病毒引起輪狀病毒、冠狀病毒、星形病毒、盞形病毒、微病毒等都可引起犢牛腹瀉，而輪狀病毒和冠狀病毒起著重要的病原學作用。

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