合成制藥廢水多數為高色度、含難降解和生物毒性物質較多的高濃度有機廢水，含有大量的有機溶劑、抗生素、鹽分等，具有成分復雜、COD、BOD高，水質水量波動大等特點。普通的生化工藝幾乎無法對其進行有效的處理，而在經過微電解預處理后的合成制藥廢水，其生物毒性大大降低，B/C能顯著提高，對于后續的生化處理具有極大的促進作用。
        一般，經微電解處理后的合成制藥廢水將與生活污水混合進入生化系統，生活污水中含有微生物生長必需的微量元素，有利于微生物的生長繁殖，也有利于加快污泥的馴化過程，整個馴化過程約2~3個月。通常，合成制藥的混合廢水進入生化系統，對于常規的A/O工藝，進水負荷不能超過COD4000mg/L，同時，溫度起著至關重要的作用，30℃左右為最適溫度。