對于化學除磷，過去大家并沒有過多關注絮凝劑對生物處理系統的潛在作用問題，實際運營中要關注同步化學除磷的對生物處理系統的潛在負面作用，并由此引發了熱烈爭論。 對此問題形成了兩種截然不同的觀點，有一種持正面觀點的認為“絮凝劑尤其是聚合氯化鋁對活性污泥中的微生物存在抑制作用” 。這種觀點認為，只有當聚合氯化鋁投加到一定濃度才會顯示出抑制作用影響，即存在一個“閾值”，很多污水廠之所以沒有觀察到這種抑制作用，一部分原因是投加量較低，不足以顯示出聚合氯化鋁潛在的抑制作用;盡管有些廠看上去出水氨氮也能達標，硝化也很好，但是這并不意味著抑制作用不存在，只是因為通過其它的工藝調整措施，比如增加曝氣能耗等方面掩蓋或者彌補了絮凝劑的負面作用，但卻在增加運行能耗等負面付出了代價等。
持 “聚合氯化鋁對活性污泥中的微生物存在抑制作用”
這種觀點的網友，還列舉了大量的國內外的研究報導予以佐證，包括清華大學環境學院進行的“十一五”國家科技支撐計劃項目的研究報導，以及國外的一些資料文獻。根據清華大學的研究報導表明，化學除磷Fe3+、Al3+的投加對活性污泥影響存在抑制作用，其中Al3+強于Fe3+，當Al3+的投加量達到10-3
mol/L時，會對生化單元內微生物的活性產生較為明顯的抑制作用。
當然，還有一些網友認為“聚合氯化鋁對活性污泥并不存在抑制作用”，并以排水集團的高碑店、小紅門污水處理廠為例。這兩個廠化學除磷投加的就是聚合氯化鋁，網友表示，兩年多的運行實踐表明，不存在所謂抑制作用，聚合氯化鋁的投加只是提高了污泥的沉降性能。
對于以上爭論，對于三級深度處理采用的后置化學除磷，是不存在抑制作用的，因為這部份化學污泥不再返回或滯留在生物系統。但是對于同步化學除磷，也就是絮凝劑投加在曝氣池出水的情況，結果則有所不同�？梢钥隙ǖ氖�，對于絮凝劑同步投加情況，化學藥劑富集是對活性污泥系統存在潛在負面作用的。目前的研究及生產實踐都已經證明了這一點，因此，我們需要引起重視。尤其是對于聚合氯化鋁同步投加情況，絮凝劑只能隨剩余污泥排出系統，持續性投加絮凝劑會逐漸富集在活性污泥系統，對活性污泥生物活性是存在潛在的抑制作用的。當然有個事實，就是需要達到一定濃度或者投加量才會表現出來這種抑制作用。國外也有文獻報導，一定條件下，化學除磷藥劑不但抑制硝化過程，甚至能引起生物除磷效率的降低。
對于不同絮凝劑的差別，根據目前的研究和生產實踐來看，以鐵鹽為主或者含有鐵鹽的絮凝劑對活性污泥種群活性抑制較小，現在有些廠已經開始嘗試使用諸如聚合鋁鐵等絮凝劑。
對于有些網友質疑化學除磷不會有高的絮凝劑投量時，每個廠的情況不同，不能一概而論。對于生物除磷作用功能較弱的污水廠，出水標準提高而又沒有進行生物除磷的改造時，只能依賴化學除磷強化對磷的去除，這種情況下絮凝劑投量就較高，尤其是對出水要求較高的污水廠。當出水TP要求低于1mg/L時，隨著TP指標要求的提高，絮凝劑投加量呈指數增加，而不是線性增加 因此，對于活性污泥系統，如果采用投加絮凝劑實現化學除磷，必須考慮到藥劑對污泥活性的負面影響，尤其是對于同步投加情況，更需關注持續投加對活性污泥的負面作用。其基本原則是盡量發揮生物系統自身的內在處理潛力，甚至進行必要的改造，強化生物除磷，盡量控制藥劑尤其是聚合氯化鋁的投加量。另外，控制化學藥劑的投量不僅能降低化學污泥的產率，而且也能改善微生物的生存環境。
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